モデルのバージョン管理はABEJA Platform上でできると拝見しました。コードのバージョン管理はどの段階で、どこで行うことを想定しているのでしょうか？
学習コードは Platform 上で学習を実行する前に、zip ファイルとしてアップロードして頂くことでバージョンとして管理されるようになります。（ Platform では学習ジョブ定義バージョンという名称で扱われております ）
バージョンの登録はコンソール画面だけでなく CLI からも可能になっております。
また、この際に Platform が提供する docker image と使用するデータセット、学習で使用するパラメータなども同時に登録しておき、学習が後で再現できるようになっております。
推論用のコードについても同様で zip ファイルとしてアップロードすることでバージョン管理されるようになります。
（ Platform ではモデルバージョンという名称で扱われております ）
学習のバージョンと同様に、コンソール画面だけでなく CLI からも登録が可能となっています。
https://developers.abeja.io/cli/model-command/create-version/
また、この際に実施した学習を選択することで、その学習で生成されたモデルとコードがバージョンとして管理されるようになります。
Github を使用する場合でもコードを zip に固めてアップロードするイメージとなります。